import pims
import trackpy as tp
import matplotlib.pyplot as plt

frames=pims.ImageSequence('data/*.png', as_grey=True) #import ImageSequence
f=tp . batch ( frames [ : ] ,  diameter =9,minmass=500,  maxsize =14, invert=True , separation =20) # detecte les blobs sur chaque ImageSequence
t=tp.link(f,12,memory=6) #relie les blobs d'un frame a l'autre, distance maximale de deplacement de 12 pixel
t1.tp.filter_stubs(t,100) #ne conserve que les particules tracker pendant au moins 100 frames
tp.plot_traj(t1) #affiche les trajectoires
em=tp.emsd(t1,3,70) #calcul le MSD de l'ensemble des algues micron per pixel = 3 et fps=70 ici
plt.plot(em.index,em) #affiche le msd au court du temps